This is an HTML version of an attachment to the Freedom of Information request 'Mötesprotokoller dagarna 9-13 mars 2020'.

Från:
Karin Tegmark-Wisell
Till:
Labchefer Mikrobiologi
Kopia:
KMiB
Ärende:
Återkoppling webmöte med chefer på kliniska mikrobiologiska laboratorier v.11, mm
Datum:
den 16 mars 2020 12:24:41
Hej
Tack för tisdagens chefs-webbmöte liksom fredagens tekniska möte avseende diagnostiken.
Det faktum att vi har spridning i samhället av covid-19 har sedan förra veckan bekräftats från
flera olika regioner liksom genom ytterligare positiva fall i influensasentinellen. I fredags
vårdades totalt 10 fall på IVA i landet men har ännu inte den dagsaktuella siffran. Till dags
dato finns tre dödsfall rapporterade. Allvaret går inte nog att understryka. Oavsett
provtagningsresultat måste nu alla fall av akut infektionsinsjuknande i samhället betraktas
som covid-19 och hanteras därefter.
Se nedan för några korta kommentarer kring sentinellen, laboratoriekapaciteten i landet,
nämnardatarapporteringen, snabbtester och ny falldefinition vid rapportering enligt
smittskyddslagen (endast en målsekvens nu aktuell).
Lite kort om influensa- och covid-19-sentinellen
(https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/overvakning-och-
rapportering/sentinelovervakning/ )
· 87 enheter och upp till 5 prov i veckan/enhet (ett förväntat inflöde på ca 200-450/vecka).
Prov skickas direkt från vårdcentralerna till FOHM.
o Av prov tagna under v. 10 analyserades 42 prov för covid-19 varav ett var positivt
o Av prov tagna under v. 11 pågår analys, varav hittills 3 positiva
o På veckobas sammanställs resultaten och publiceras på torsdagar på
https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/utbrott/aktuella-
utbrott/covid-19/aktuellt-epidemiologiskt-lage/

Slutsatser från er återkoppling avseende kapaciteten
· Sett över hela landet ser kapaciteten för att möta den provtagningsindikation som är
aktuell generellt bra ut men det finns utmaningar
o 11 laboratorier i drift (Halmstad, Kalmar, Karolinska, Region Kronoberg/Bleking,
Sahlgrenska, Skåne, Umeå, Uppsala, Unilabs Skövde, Örebro och Östersund.
Under v. 10 drygt 4 600 analyser utförda i landet. Daglig testkapacitet i landet ca
2800 analyser.
o v 12-14 har Linköping, Karlstad, Gävle, Jönköping, Luleå, Västerås,
Jämtland/Härjedalen och Falun förhoppningar om att etablera analys för SARS-
CoV-2 men är beroende av kommande leveranser.
o Flera av de stora universitetslaboratorierna har mycket hög dagskapacitet men att
de pga av aviserade restnoteringar tvingas till stora ansträngningar och täta
kontakter med leverantörer för att upprätthålla sin kapacitet.
o Samarbete sker mellan regionerna med utbyte av erfarenhet för att hitta flexibla
lösningar samt möjliga öppningar för överföring av prov till andra regioner ses
som möjliga lösningar om just-in-time-leveranserna uteblir.
o På Folkhälsomyndigheten, regionala kliniska mikrobiologiska laboratorier och i
samarbete med samarbetspartners inom akademin, mm pågår valideringar av
alternativa provtagningspinnar och extraktionsmetoder för att öka flexibiliteten
och minska beroendet av specifika system och enskilda leverantörer.
Möjligheten till etablering av nya system pågår också.
o Mindre laboratoriet som ännu inte har etablerat diagnostik har prioriterats ner av

leverantörer för att säkerställa leverans till de laboratorier som har analys
etablerad. OK
Nämnardatarapporteringen
För att ha en uppfattning om förekomsten av fall i samhället och inom vården i relation till
provtagningens omfattning är nämnardatarapporteringen nu extra viktig. Vi påminner därför om
denna och att vi önskar den oss tillhanda senast kl 15 på måndagar till diagnostik-
xxxx@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.xx
. Ett uppdaterat excelformulär med kategorier för indikation för
provtagning liksom möjligheten att rapportera aggregerade data är tillagd bifogas. Ange antal
(unika) patienter analyserade under resp vecka.
Helgenomsekvensering
Under v. 12 påbörjar vi den löpande sekvenseringen av svenska fall. Vi lägger upp sekvenserna i
GISAD (ålder, kön, provtagningsdatum, stad (enbart större annars län).
Vid publicering av svenska sekvensdata föreslår vi att författarskapet är: Behandlande läkare,
Labbchef/medicinsk ansvarig, FOHM. Återkom om ni har synpunkter på detta till Diagnostik-
nCoV xxxxxxxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.xx. Om ni inte har möjlighet att skicka material för
sekvensering löpande så gör det batchvis utifrån vad ni ser som möjligt från ert perspektiv.
Snabbtester
En kartläggning av tillgängliga snabbtester sammanställs på Folkhälsomyndigheten. Vi följer
genom WHO- och ECDC-nätverk information om snabbtester och återkopplar dessa till er när ny
information delges. Från möte 2020-03-13 kan följande sammanfattas
· En stor mängd serologiska snabbtester marknadsförs nu aggressivt på marknaden.
Preliminära data från Frankrike, visar att dessa har utmaningar vad det gäller specificitet.
Det finns två leverantörer som har ELISA som vi håller på och försöker få tag på för att
validera på FOHM. SoS undersöker om dessa även går att köpa in till det nationella
beredskapslagret. Vi har även förstått att valideringar är på gång eller planerade på flera
håll i landet. För att samla ihop och lära från varandra bjuder vi (Mia Brytting) in till ett
möte avseende serologiska valideringar i morgon, tisdag kl 10-11.00 som jag hoppas
att ni som arbetar med detta kan prioritera att delta i.
· Antigentester finns att inköpa för privatpersoner på internet. Data avseende när i
sjukdomsförloppet dessa kan förväntas vara positiva, känslighet liksom specificitet och
sensitivitet för dessa saknas i nuläget.
· Snabbtester/direkt-PCR för påvisning av nukleinsyra, flera lab har börjat titta på
helhetslösningar för detta.
Falldefinition vid anmälan enligt smittskyddslagen
I enlighet med ECDCs rekommendation när man befinner sig i en fas där samhällssmitta
förekommer går vi nu över till att falldefinitionen vid anmälan enligt smittskyddslagen endast
innefattar en region. Kommer att uppdateras på webbplatsen under dagen. SmiNet-anmälan är
möjligt redan nu vid påvisning av en specifik SARS-CoV-2 målsekvens.
Falldefinition vid anmälan enligt smittskyddslagen av infektion med covid-19, gäller från 2020-03-15
Misstänkt fall. Samtliga av följande kriterier:
• Klinisk bild förenlig med infektion orsakad av 2019-nCoV
• Epidemiologiskt samband
Bekräftat fall. Minst ett av följande kriterier:
• Nukleinsyrepåvisning av 2019-nCoV-specifikt genfragment
• Isolering av 2019-nCoV
Med vänlig hälsning,
Karin
__________________________________
Karin Tegmark Wisell
Avdelningschef Överläkare
070-32 92 602
Folkhälsomyndigheten
Avdelningen för mikrobiologi
xxxxx.xxxxxxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.xx
Folkhälsomyndigheten är en nationell kunskapsmyndighet som arbetar för bättre folkhälsa. Det gör myndigheten genom att
utveckla och stödja samhällets arbete med att främja hälsa, förebygga ohälsa och skydda mot hälsohot. Vår vision är en folkhälsa
som stärker samhällets utveckling. För ytterligare information besök gärna: www.folkhalsomyndigheten.se